Ondanks de vele positieve eigenschappen kent de MEDION MD12011 ook enkele beperkingen. Allereerst is het vermogen van 800 watt aan de lage kant in vergelijking met duurdere modellen, waardoor het opwarmen soms langer kan duren dan gewenst, vooral bij grote porties of dikkere gerechten. Dit kan voor gebruikers die snelheid belangrijk vinden een minpunt zijn.
Verder ontbreekt deze magnetron aan verschillende geavanceerde functies die tegenwoordig steeds vaker voorkomen, zoals een grillfunctie, stoom- of heteluchtmogelijkheden. Voor gebruikers die hun magnetron ook als een minioven willen gebruiken, biedt de MD12011 daardoor onvoldoende veelzijdigheid.
Een ander aspect is dat het apparaat vrij basic is qua bediening; hoewel dit een voordeel kan zijn voor gebruikers die eenvoud verkiezen, missen sommigen misschien uitgebreidere instellingen of een digitaal display voor preciezere tijd- en vermogensinstellingen. De timer en standen zijn manueel instelbaar, wat iets minder nauwkeurig kan aanvoelen vergeleken met digitale alternatieven.
Ten slotte is de binnenruimte niet extra groot – geschikt voor standaard borden en schaaltjes, maar minder geschikt voor grote ovenschotels of diepere pannen. Hierdoor moeten gebruikers die regelmatig grotere maaltijden willen bereiden kiezen voor een grotere magnetron of extra kookapparatuur.