Hoewel de combimagnetron veel sterke punten heeft, zijn er ook beperkingen om rekening mee te houden. Allereerst is de interne capaciteit van 25 liter prima voor kleine schalen en borden, maar beperkt voor grotere pannen, grote ovenschalen of het bereiden van maaltijden voor grotere gezelschappen. Als je regelmatig voor meer dan vier personen kookt of grote ovengerechten bereidt, is deze ruimte mogelijk onvoldoende.
Een ander aandachtspunt is het ontbreken van een expliciete hetelucht- of heteluchtconvectiefunctie; de combinatie van magnetron en grill biedt veel mogelijkheden, maar kan het effect van een echte oven met convectie niet volledig vervangen. Dat betekent dat sommige bak- en braadtechnieken die een gelijkmatige hete luchtcirculatie vereisen, minder goed uitpakken.
Verder kan bij intensief grillgebruik rook- en vetvorming optreden, vooral wanneer vette ingrediënten worden bereid. Dit vraagt om regelmatige reiniging en mogelijk extra ventilatie in de keuken. Ten slotte is de plaatsing boven het fornuis praktisch, maar vereist zorgvuldige montage en voldoende ventilatieruimte; onjuiste installatie kan condensatie en oververhitting veroorzaken waardoor de levensduur of prestaties beïnvloed kunnen worden.